genbank数据库（genbank数据库的特点）

本篇文章给大家谈谈genbank数据库，以及genbank数据库的特点对应的知识点，希望对各位有所帮助，不要忘了收藏本站喔。

本文目录一览：

• 1、genbank数据库中mrna以什么序列形式收集
• 2、genbank是谁的二级数据库
• 3、高通量测序数据公共数据库有哪些(高通量测序常规)
• 4、Genbank数据库与EMBL数据库格式的差异
• 5、质粒抽提后，进行测序，想看一下多克隆位点序列。在与GenBank数据库比对时，发现差异好大，请问如何比对？
• 6、ncbi 基因组dna序列是哪一个

genbank数据库中mrna以什么序列形式收集

GenBank数据库中的mRNA序列是基于一种特殊的标准Nucleotide Sequence格式（FASTA格式）收集的。每个mRNA序列都包括罩运一个特定的普通名字，如NM_000518.5, 以及包含该帆大mRNA序列的完整DNA序列。此外，mRNA序列还包括其他相关信息，例如参考文献、基因名称、功能注释以及其他优化相关数据。通过在GenBank数据库中收集这些mRNA序列，研物轿梁究人员可以进行各种数据分析、基因功能研究以及更广泛领域的基因研究。

genbank是谁的二级数据库

GenBank

GenBank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取蠢弯序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测激档和明盯序计划( Benson等， 1998)。

高通量测序数据公共数据库有哪些(高通量测序常规)

GenBank数据库结构

完整的GenBank数据库包括序列文件，索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文枝芦乱献等建立的，用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库，其数据格式为FastA。

GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目，包括核苷酸碱基排列顺序和注释两部分。目前，许多生物信息资源中心通过计算机网络提供该数据库文件。下面，我们介绍序列文件的结构。

GenBank序列文件由单个的序列条目组成。序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。序列条目的格式非常重要，关键字从第一列开始，次关键字从第三列开始，特性表说明符从第五列开始。每个字段可以占一行，也可以占若干行。若一行中写不下时，继续行以空格开始。

序列条目的关键字包括LOCUS(代码)，DEFINITION(说明)，ACCESSION(编号)，NID符(核酸标识)，KEYWORDS(关键词)，SOURCE(数据来源)，REFERENCE(文献)，FEATURES(特性表)，BASECOUNT(碱基组成)及ORIGIN(碱基排列顺序)。先版的核酸序列数据库将引入新的关键词SV(序列版本号)，用“编号.版本号”表示，并取代关键词NID。

LOCUS(代码)：是该序列条目的标记，或者说标识符，蕴涵这个序列的功能。例如，图4.1中所示的HUMCYCLOX表示人的环氧化酶。该字段还包括其它相关内容，如序列长度、类型、种属来源以及录入日期等。说明字段是有关这一序列的简单描述，如本例为人环氧化酶-2的mRNA全序列。

ACCESSION(编号)：具有唯一性和永久性，如本例中代码M90100用来表示上述人环氧化酶-2的mRNA序列，在文献中引用这个序列时哗茄，应该以此编号为准。

KEYWORDS(关键词)字段：由该序列的提交者提供，包括该序列的基因产物以及其它相关信息，如本例中环氧化酶-2(-2)，前列腺素合成酶(synthase)。

SOURCE(数据来源)字段：说明该序列是从什么生物体、什么组织得到的，如本例中人脐带血(umbilicalvein)。次关键字ORGANISM(种属)指出该生物体的分类学地位，如本例人、真核生物等等(详见图4.1)。

REFERENCE(文献)字段：说明该序列中的相关文献，包括AUTHORS(作者)，TITLE(题目)及JOURNAL(杂志名)等，以次关键词列出。该字段中还列出医学文献摘要数据库MEDLINE的代码。该代码实际上是个超文本链接，点击它可以直接调用上述文献摘要。一个序列可以有多篇文献，以不同序号表示，并给出该序列中的哪一部分与文献有关。

FEATURES(特性表)：具有特定的格式，用来详细描述序列特性。特性表中带有‘/db-xref/’标志的字符可以连接到其它数据库，如本例中的分类数据库（taxon9606），以及蛋白质序列数据库（PID：g181254）。序列中各部分的位置都在表中标明，5’非编码区(1-97)，编码区(98-1912)，3’非编码区(1913-3387)，多聚腺苷酸重复区域(3367-3374)，等等。翻译所得信号肽以及最终蛋白质产物也都有所说明。当然，这个例子只是特性表的部分注释信息，但已经足以说明其详细程度。

接下来是碱基含量字段，给出序列中的碱组成，如本例中1010个A，712个C，633个G，1032个T。ORIGIN行是序列的引导行，接下来便是碱基序列，以双斜杠行“//”结束。

·EMBL数据库结构

EMBL数据库的基本单位也是序列条目，包括核甘酸碱基排列顺序和注释两部分。序列条目由字段组成，每个字段由标识字起始，后面为该字段的具体说明。有些字段又分若干次子字段，以次标识字或特性表说明符开始，最后以双斜杠“//”作本序列条目结束标记。

条目的关键字包括ID（序列名称），DE（序列简单说明），AC（序列编号），SV（序列版本号），KW（与序列相关的关键词），OS（序列来源的物种名），OC（序列来源的物种学名和分类学位置），RN（相关文献编号或递交序列的注册信息），RA（相关文献作者或递交序列的作者），RT（相关文献题目），RL（相关猛档文献杂志名或递交序列的作者单位），RX（相关文献Mediline引文代码），RC（相关文献注释），RP（相关文献其他注释），CC（关于序列的注释信息），DR（相关数据库交叉引用号），FH（序列特征表起始），FT（序列特征表子项），SQ（碱基种类统计数）。

其它常用核酸序列数据库

·dbEST

dbEST数据库专门收集EST数据，该数据库有自己的格式，包括识别符、代码、序列数据以及dbEST的注释摘要，也按DNA的种类分成了若干子数据库。1998年5月8日版的dbEST共包括1.6_106条EST。其中有1百万条人的EST，30万条小鼠和大鼠的EST。

·GSDB

GSDB是基因组序列数据库（GenomeSequenceDataBase），由美国新墨西哥州SantaFe的国家基因组资源中心创建。GSDB收集、管理并且发布完整的DNA序列及其相关信息，以满足基因组测序中心需要。该数据库采用服务器-客户机关系数据库模式，大规模测序机构可以通过计算机网络向服务器提交数据，并在发送之前对数据进行检查，以确保数据的质量。

GSDB数据库中条目的格式与GenBank中的基本一致，主要区别是GSDB数据库中增加了GSDBID识别符。

GSDB数据库可以通过万维网查询，也可以使用服务器-客户机关系数据库方式查询。无论用哪种方法，熟悉数据库结构化查询语言SQL，对更好地使用GSDB数据库会有所帮助。

·UniGene

人类基因组计划的首要任务是对人类基因组进行全序列测定，整个基因组估计有30亿个碱基对，其中大约3%可以编码蛋白质，其余部分的生物学功能还不清楚。转录图谱可以把基因组中能够编码蛋白质的部分集中起来，因此是一种重要的数据资源。

UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理，剔除冗余部分，将同一基因的序列，包括EST序列片段搜集到一起，以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外，也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因，而下一章将要介绍的HGI数据库只包括人的基因。该数据库的标题行（TITLE）给出基因的名称和简单说明，表达部位行（EXPRESS）指出该基因在什么组织中表达以及在基因图谱中的位置等。此外，列出该基因在核酸序列数据库GenBank或EMBL和蛋白质序列数据库SWISS-PROT中的编号的超文本链接。

UniGene中部分条目包括已知基因序列，而有些条目则仅有新测得的EST序列片段。这就意味着，这些EST序列所对应的基因尚未搞清，可以用来发现新基因。在描绘基因图谱及大规模基因表达分析等研究中，UniGene也可以帮助实验设计者选择试剂。

UniGene可以通过NCBI或SRS系统访问

[img]

Genbank数据库与EMBL数据库格式的差异

一种特殊的文件格式！表示数据库文件，foxbase,dbase,visual

foxpro,等数据库处理系启知汪统所产生的数据库文件!

打开悄仔方式

dbf

viewer

pro

是一个用于

windows

下的

dbf

数据库文件管理器。

可猛拆用foxpro打开

还可用excel进行打开

质粒抽提后，进行测序，想看一下多克隆位点序列。在与GenBank数据库比对时，发现差异好大，请问如何比对？

请问你是用质粒上多克猛告早隆位点附近的引物进行的测序吗？由于测序结果头枝雀部序列会受到荧光染料干扰会有几十BP序列不是很准确，你需要双向测序后进行拼友码接，连成一条链后再在数据库比对，或者是网上下载DNASTAR之类的比对软件来分析比对。

ncbi 基因组dna序列是哪一个

要回到这个问题，还要从ncbi网站的GenBank数冲宏据库的创建说起。GenBank数据库是用来收集生物学基因测序答枣的结果。如果你学过分子生物学，做过PCR试验就会知道RNA非常不稳定，容易讲解。PCR试验的模板和产物都是DNA序列。另外，也许还会有疑问，DNA序列是双链，数据库里的序列是哪一条。这是分子生物学的约定俗称的习惯，数据库里是正义链，也清判拆就是从左到右是3'到5'。也就是DNA酶复制的方向。

因为GenBank数据库保存的都是原始数据，所以就没有必要转换成RNA序列，如果你有特殊的序列分析需求（例如RNA结构预测）你可以用t-u转换即可。

关于genbank数据库和genbank数据库的特点的介绍到此就结束了，不知道你从中找到你需要的信息了吗 ？如果你还想了解更多这方面的信息，记得收藏关注本站。