r语言读取txt的简单介绍

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R语言批量读文件

杀杀

前两天一个同学问了一个批量读数据(文件)的问题

感觉现在分析测序数据的话,在R中一次性读取多个文件的功能还是挺需要用到的

决定总结一下下

总不能写n行read.csv…balabala…去读取,那太麻烦了

于是决定使用批量读数据

首先我们卜碧腔要获取这个文件夹里所有的文件名字以便读取

接下来我们需要构建读文件的路径

ps: 在做这种批量操作时还是有必要先花时间测试一个样本是否能够成功,然后再去做批量的循环,这样也能方便自己找bug

因此我们先试慧腔着读取一个文件

这里因为例子中的文件格式比较特殊,所以使用的读取函数是read.delim,如果是.csv或.txt等格式,也可以替换成read.csv, read.table等函数。

好了测试通过,接下来开始批量读文件

需要注意的是,合并文件的时候,需要注意你是要取所有文件中行名的交集还是并集,或者最后你是否有一个统一的行名来规整所有文件。(当然如果型衫你确定每个文件的行名都是相同的,就可以直接cbind),我遇到过需要取交集的情况,可以写一个循环对每个文件的行名做交集,用最终的交集文件去match出所有你要的行然后合并。

但是这个例子中,有的文件的行名是1-4000,有的是5000-8000,存在非常大的差异,而需求是最后整合成一个行名为0-8000的矩阵,因此我先建立一个0-8000的列作为行名,把每个文件和这列进行一个match操作,然后未match到的填充为0。

其实没有很难的部分,主要是需要读取文件夹中的所有文件名,然后循环读取就行了。

[img]

R语言文件读取

参考文章地址()

逗号分隔文件袜衫 (.csv文件)、 制表符分隔文件 (.tsv文件)和 空格分隔文件 (.txt文件)

(一).csv文件的读取

mydata - read.csv(file=" ", header=T, sep=",", quote="\", dec=".", fill=T, comment.char=" ")

comment.char用于设置需要跳过的内容,比如需告消腔要跳过的行前面有“#”,那么设置comment.char=“#”,当然你也可以设置从中间开始读,注意,这个函数是read.csv里面的哦!

file: 以csv结尾的文件名,由文件所在路径及其文件名构成

header:是否把第一行作为表头

sep:分隔方式,csv文件分隔读入参数设置为"."

                               tsv文件分隔读入参数设置为"\t"

                               txt文件分隔为空格,不需要设置sep参数

也可以通过mydata - read.table("D:/mydata.csv", header=T, sep=",", row.names="id")读取

(二).tsv文件的读取

mydata 桥尺- read.table("D:/mydata.tsv", header=T, sep="\t", row.names="id")

除了分隔方式跟上面一样

(三).txt文件的读取

mydata - read.table("c:/mydata.txt", header=TRUE, row.names="id")

除了分隔方式跟上面一样

(四)以.gz结尾的压缩文件的读取

1.在R中可以使用gzfile()的方式读取压缩文件

2.使用data.table包里的fread()函数

安装并加载data.table包

install.packages("data.table")

library(data.table)

使用fread()函数读取文件,这里参数和之前的一致,唯一的不同就是fread()可以直接读取压缩文件

mydata - fread(‘c:/mydata.txt.gz’, header=T, row.names=’id’)

(五)读取.xlsx后缀文件,也就是excel文件

1. 安装并加载openxlsx包

install.packages("openxlsx")

library(openxlsx)

2.进行数据的导入

mydata - read.xlsx( "mydata.xlsx",rowNames=T)

其他参数可以通过? read.xlsx在R中根据需要进行添加的。

r语言怎么读取txt文件

1、r语言读闹派扮取txt文件的方法:首先根据下图图片中的命令代码进行输入

2、然后这样就可以读取txt文件了,结果图如下:

3、R读取csv文件的方液灶法:在读取csv文件羡梁时,分割符为“,”;可以根据下方的代码进行编辑。

read.csv(file, header = TRUE, sep = ",", quote = "\"",

      dec = ".", fill = TRUE, comment.char = "", ...)

4、如果想要读取Excel表格数据的话,可以使用下方的方法来实现。

xls2csv(xls, sheet=1, verbose=FALSE, blank.lines.skip=TRUE, ..., perl="perl")

xls2tab(xls, sheet=1, verbose=FALSE, blank.lines.skip=TRUE, ..., perl="perl")

xls2tsv(xls, sheet=1, verbose=FALSE, blank.lines.skip=TRUE, ..., perl="perl")

xls2sep(xls, sheet=1, verbose=FALSE, blank.lines.skip=TRUE, ...,

     method=c("csv","tsv","tab"), perl="perl")

用R语言读取文本文件并求出每一列的最大值、最小值、中位值等,将其在屏幕中输?

首先,要使用 R 语言读取文本文件,你可以使用 read.table 函数燃森:

data - read.table("filename.txt", header = TRUE)

然皮改亩后,要求出每一列的最大值、最小值歼尘、中位值,你可以使用 apply 函数:

# Get the maximum value for each column

apply(data, 2, max)

# Get the minimum value for each column

apply(data, 2, min)

# Get the median for each column

apply(data, 2, median)

最后,将计算结果输出到屏幕,可以使用 print 函数:

print(result)

R语言 文件读写

真的,无论什么时候,你总会遇到一些奇奇怪怪的文件,要读取,纳裂枯一开始真的痛不欲生,自己总结了一小波,给自己储个粮~~~

如果有什么不对的小错误欢迎大家指出

不是所以的文件都可以很规整,直接读入会导致数据丢失或者读入失败,有时候需要参数调整

TRUE表示含有属性的标题

FALSE表示不含属性的标题

根据文件具体情况选择切割符号【逗号,\t,/,空格键】

文件中“!”符号后面的内容不源或读取( 具体例子可见GSE文件的读取 )

也可以将" !"根据需求换成" # "

记录自己曾经遇到的一个错误

解决洞洞:AA=read.table("data_Seq_v2_expression_median.txt",header=T,seq="",fill=T)

关于r语言读取txt和的介绍到此就结束了,不知道你从中找到你需要的信息了吗 ?如果你还想了解更多这方面的信息,记得收藏关注本站。

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