genbank数据库官网（geo数据库数据下载）

本篇文章给大家谈谈genbank数据库官网，以及geo数据库数据下载对应的知识点，希望对各位有所帮助，不要忘了收藏本站喔。

本文目录一览：

• 1、以下哪些工具可以获得序列标识图
• 2、GenBank数据库的介绍
• 3、1.请谈谈如何在GenBank数据库中下载文献资料
• 4、生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些
• 5、genbank号是什么
• 6、GenBank Release146(http://www.ncbi.nih.gov/Genbank/)基因序列怎么下载的

以下哪些工具可以获得序列标识图

序列标识图是指将蛋白质序列上的结构和功能信息映射到一个二维图上，以便更好地理解和分析蛋白质序列的结构和功能。以下是一些可以获得序列标识图的工具:

1. InterProScan: InterProScan是一种基于序列的功能注释工具，可以预测蛋白质序誉察列的结构和功能，并输出序列标识图。它使用多种算法和数据库，包括Pfam、PRINTS、ProSite、SUPERFAMILY等，以提高预测准确性。

2. Protter: Protter是一种在线的序列标识图生成工具，它可以将FASTA格式的蛋白质序列映射到一个可视化的二维图上，显示出蛋白喊饥质的各种结构和功能信息，包括域、保守区域、跨膜区域、信号肽等。

3. ESPript: ESPript是一种在线的序列标识图生成工具，它可以将蛋白质序列映射到一个二维图上，以显示出蛋白质的二级结构、保守区域、氨基酸残基间的相互作用庆渗茄等信息。它还支持多种输出格式和样式，用户可以根据需要进行调整。

4. WebLogo: WebLogo是一种在线的序列标识图生成工具，它可以将多个蛋白质序列的保守区域映射到一个二维图上，以显示出每个位置上的氨基酸分布情况，并计算每种氨基酸出现的频率。它还支持多种输出格式和样式，用户可以根据需要进行调整。

总之，以上工具都可以用于生成蛋白质序列标识图，用户可以根据自己的需要选择合适的工具，并根据输出结果进行分析和解释。

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GenBank数据库的介绍

GenBank 是一个有来自于70,000多种生物樱野仔的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区（脊拆CDS）特征的注释，还包脊汪括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。

1.请谈谈如何在GenBank数据库中下载文献资料

1.打开GenBank数吵凯据库，界面如下：升陪唤

2.点击Entrez，进入Entrez界面，界面如下：

3.在search across databases框中输入要下载的资料名称，如rbp4，得到下面的结果：

4.点击第二个标签，乱团出现下面的结果：

5.点击Full Text 就得到想要的文献，如下：（这里只截取了一部分）

生物催化和生物降解的数据库及网址有哪些

一般来说所用的分析工具有在线跟下载的下面简要列举一些常用在线软件的使用1、使用VecScreen工具，分析下列未知序列，输出序列长度、载体序列的区域、可能使用的克隆载体都有哪些。一、步骤：

打开google首页，搜索VecScreen，进入VecScreen首页，复制序列，运行，Viewreport。

二、结果：

输出序列长度918bp，载体序列的区域456bp——854bp.

克隆载体：M13mp18phage，pGEM-13Zf()，pBR322，pRKW2。

2、使用相应工具，分析下列未者帆知序列的重复序列情况，输出重复序列的区域、包含的所有重复序列的类型、重复序列的总长度及MaskedSequence。

一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的。

进入google首页，搜索，进入主页，进入，复制序列，DNAsource选择human，运行！点击超链接，在结果中选择

AnnotationFile：_1287631711.out.html

3、使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具，分析下列未知序列，输出CpG岛的长度、区域、GC数量、所占首粗雹的百分比及Obs/Exp值。一、步骤：

进入google首页，搜索CpGPlot，进入CpGPlot主页，program中选择cpgreport复制序列，运行！

二、结果：

CpG岛的长度：385bp

区域：48——432；

GC数量：SumCG=297，百分数=77.14

Obs/Exp：1.01、4、预测下面序列的启动子，输出可能的启动子序列及相应的位置。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。凳耐得出序列是human的

进入google首页，搜索NeuralNetworkPromoterPrediction，进入主页，复制序列，选择eukaryote，运行！

二、结果：

位置：711—761，1388—1438，1755—1805；

5、运用SpliceSitePrediction工具分析下面序列，分别输出内含子－外显子剪接位点给体和受体的区域及剪接处位置的碱基。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是human的

进入google首页，搜索SpliceSitePrediction，进入主页，复制序列。Organism选择Humanorother。其他默认，运行！

二、结果：

供体：

受体：

6、对下面序列进行六框翻译，利用GENESCAN综合分析(首先确定给定序列的物种来源)哪个ORF是正确的，输出六框翻译（抓图）和GENESCAN结果(包括predictedgenes/exons和predictedpeptidesequence(s)两个部分)。一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST。得出序列是Zea的

进入google首页；搜索NCBI，进入主页，选择allresources（A~Z），选择O，选择ORFfinder。复制序列，默认，运行！

二、结果：ORF图

三、步骤：进入google首页，搜索GENESCAN，进入主页，Organism:Maize，，其他默认，运行！

四、结果：

G7、进入REBASE限制性内切酶数据库，输出AluI、MboI、EcoI三种内酶的RecognitionSequence和Type。

一、步骤：进入google首页，googleinEnglish，搜索REBASE，进入主页，分别输入AluI、MboI、EcoI，运行！

在MboI中选择第一个，EcoI选择第二个。

二、结果：

ENSCAN图

8、使用引物设计工具，针对下列未知序列设计一对引物，要求引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃。请写出选择的一对引物（ForwardPrimerandReversePrimer）、及相应的GC含量、引物的位点、Tm值和产物长度。一、步骤：进入google首页，搜索genefisher，进入主页，复制fasta格式，chechkinput，sunmit，；；设置一下引物长度为20-25bp，扩增产物长度300-500bp，退火温度为50-60℃；。

二、结果：

GC含量：

引物的位点：

Tm值：

产物长度：。

9、将下面的序列用NEBcutter2.0工具分析，用产生平末端及有四个酶切位点的酶进行酶切，并用抓图提交胶图（viewgel），要求1.4%agarose和Marker为100bpDNALadder。

一、步骤：

进入google首页，进入ICBI主页，对序列进行BLAST，得知是linear。

进入google首页，搜索NEBcutter2.0，进入主页，选择linear，运行！选择customdigest，，把“1”改为“4”，选择平末端，后digest。Viewgel。选择1.4%agarose和Marker为100bp。

二、结果：

然后就是蛋白质的了一般都在expasy里swiss-prot适用于检索的computepi/mw求理论分子量分子量protparam物理化学性质protscale亲水性疏水性peptidemass分析蛋白酶和化学试剂处理后的内切产物

NCBI()-GenBank数据库

数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较（BLASTN）

蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较（BLASTP）

两序列比对（Aligntwosequences）

DNA序列分析——ORFFinder()

分析实验序列外显子部分——GENSCAN（genes.mit.e/GENSCAN.html）

分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0(tools.neb/NEBcutter2/index.php)

注：Customdigest--viewgel

限制性内切酶数据库——REBASE(rebase.neb/rebase/rebase.html)

设计引物扩增实验序列——Genefisher

Primer3

蛋白质序列分析及结构预测：

1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy（ComputepI/Mw）

2.分析蛋白质的基本物理化学性质：ExPASy（ProtParam）

3.分析蛋白质的亲水性和疏水性：ExPASy（ProtScale）

4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物：ExPASy（PeptideMass）[*：kinaseK]

5.分析蛋白质的信号肽：ExPASy（SignalP）

6.预测蛋白质的二级结构：ExPASy（Jpred3）

多物种分子系统发育分析：EMBL（)--Toolbox--Clustal2W

人脂联素蛋白质序列：NP_004788

人类胰岛素生长因子IB前体：P05019

genbank号是什么

登录号。GenBank是一个开放获取的串行数据库，对所有公开可利用的核苷酸串行与其翻译的蛋白质袜旁进行收集并注释，genbank号是登录号，是序列申请时，系统分配的一个序列收录号。GenBank是美国国家生物技告渗橡术信息中心建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划喊判。

GenBank Release146(http://www.ncbi.nih.gov/Genbank/)基因序列怎么下载的

首先，你枯者的网址就不对，其次，选择数据库，输入你枯尘的基因没败薯编号，搜索，然后下载。

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