动态规划算法(动态规划算法的基本要素为)
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生物学中常用的两种动态规划算法
动态规划算法(Dynamic Programming Algorithm)是一种计算方法,它的主要思路是把一个问题分成若干个小问题来解决
在生物学中应用的两种动态规划算法:Needleman-Wunsch算法(全局比对)和Smith-Waterman算法(局部比对)
(1)全局序列比对:
1)两条序列可以在一个x- 和y-轴的矩阵中得到比对;
2)如果序列一致,则可以得到一条通过对角线的路径;
3)寻找最佳的次路径,然后将它们加起来得到最好的得分,
这包括:
需要时插入空隙(gap)
允许保守替代
选择打分系统(简单的或复杂的)
Needleman-Wunsch算法可以保证得到最佳纳宏的比对
(2)局部序列比对:局部比对的目标是寻找两序列最优比对区(子序列),不需要延伸到序列的两端;局部比对是数据库搜索是最常用的算法,在寻找序列之间的结构域时相当有用。 1)Smith-Waterman 算洞祥册法
1. 设置一个矩阵,大小为(m+1, n+1)
2. 矩阵中的值必须不小于0。
3. 矩阵中的每个单元格的分值S是以下四者中的最大值:
1. 算法的目的是寻找矩阵中的最大值,这代表了比对中的结尾处(羧基端)。
2. 回溯过程从最大值的位置开始,沿着对角线向上向左直到碰到一个零分值的单元格。
3. 算法需要的一个条件是随机匹配的期望分值为负,保证不相关的长序列不能得宴陪到高分值(大多打分矩阵满足此条)
动态规划算法的基本思想
动态规划算法与分治法类似,其基本思想也是将枯山待求解问题分解成若干个子问题。
但是经分解得到的子问题往往不是互相独立的。不同子问题的数目常常只有多项式量级。在用分治法求解时,有些子问题被重键册复计算了许多次。
如果能够保存已解决的子问题的答案,而在需要时再找出已求得的答案,就可以避免大量重复计算,从而得到多项式时间算法。
动态规划的求解步骤
a. 找出最优解的性质,并刻画其结构特征。
b. 递归地定义最优值。
c. 以自底向上的方式计算出最优值。
d. 根据计算最优值时得到的信息,构造最优解
拓展资料:
动态规划的实质是分治思想和解决冗余,因此动态规划是一种将问题实例分析为更小的、相似的子问题,并存储子问题的解而避免计算重复的子问没亮中题,以解决最优化问题的算法策略
动态规划所针对的问题有一个显著的特征,即它对应的子问题树中的子问题呈现大量的重复。动态规划的关键在于,对于重复的子问题,只在第一次遇到时求解,并把答案保存起来,让以后再遇到时直接引用,不必要重新求解。
[img]动态规划算法详解
动态规划一般也只能应用于有最优子结构的问题。最优子结构的意思是局部最优解能决定全局最优解(对有些问题这个要求并不能完全满足,故有时需要引入一定的近似)。简单地说,问题能够分解成子问题来解决。
将待求解问题分解成若干个子拍氏问题,先求解子问题,然后从这些子问题的解得到原问题的解(这部分与分治法相似)。与分治法不同的是,适合于用动态规划求解的问题,经分解得到的子问题往往不是互相独立的。若用分治法来解这类问题,则分解得到的子问题数目太多,有些子问题被重复计算了很多次。如果我们能够保存已解决的子问题的答案,袭铅散而在需要时再找出已求得的答案,这样就可以避免大量的重复计算,节省时间。通常可以用一个表来记录所有已解的子问题的答案。
问题的一个最优解中所包含的子问题的解也是最优的。总问题包含很多个子问题,而这些子问题的解也是最优的。
用递归算法对问题进行求解时,每次产生的子问题并不总是新问题,有些子问题会被重复计算多次。问题重叠性质是指在用递归算法自顶向下对问题进行求解时,每次产生的子问题并不总是新问题,有些子问题会被重复计算多次。动态规划算法正是利用了这种子问题的重叠性质,对每一个子问题只计算一次,然后将其计算结果保存在一个表格中,当再次需要计算已经计算过的子问题时,只是在表格中简单激搏地查看一下结果,从而获得较高的效率。
:很显然,这道题的对应的数学表达式是
其中F(1)=1, F(2)=2。很自然的状况是,采用递归函数来求解:
参考:
Python之动态规划算法
动态规划算法中是将复杂问题递归分解为子问题,通过解决这皮拆些子问题来解决复杂问题。与递归算法相比,动态编程减少了堆栈的使用,避免了重复的计算,效率得到显著提升。
先来看一个简单的例子,斐波那契数列.
斐波那契数列的定义如下。
斐波那契数列可以很容易地用递归算法实现:
上述代码,随燃旁枣着n的增加,计算量呈指数级增长,算法的时间复杂度是 。
采用动态规划算法,通过自下而上的计算数列的值,可以使算法复杂度减小到 ,代码如下。
下面我们再看一个复杂一些的例子。
这是小学奥数常见的硬币问题: 已知有1分,2分,5分三种硬币数量不限,用这些硬币凑成为n分钱,那么一共有多少种组合方法。
我们将硬币的种类用列表 coins 定义;
将问题定义为一个二维数组 dp,dp[amt][j] 是使用 coins 中前 j+1 种硬币( coins[0:j+1] )凑成总价amt的组合数。
例如: coins = [1,2,5]
dp[5][1] 就是使用前两种硬币 [1,2] 凑成总和为5的组合数。
对于所有的 dp[0][j] 来说,凑成总价为0的情况只有一种,就是所有的硬币数量都为0。所以对于在有效范围内任意的j,都有 dp[0][j] 为1。
对于 dp[amt][j] 的计算,也就是使用 coins[0:j+1] 硬币总价amt的组合数,包含两种情况计算:
1.当使用第j个硬币时,有 dp[amt-coins[j]][j] 种情况,即amt减去第j个硬币币值,使用前j+1种硬币的组合数;
2.当不使用第j个硬币时,有 dp[amt][j-1] 种情况,即使用前j种硬币凑成amt的组合数;
所以: dp[amt][j] = dp[amt - coins[j]][j]+dp[amt][j-1]
我们最终得到的结果是:dp[amount][-1]
上述分析省略了一些边界情况。
有了上述的分析,代码实现就比较简单了。
动态规划算法代码简洁,执行效率高。但是与递归算法相比,需要仔细考虑如何分解问题,动态规划代码与递归调用相比,较难理解。
我把递归算法启瞎实现的代码也附在下面。有兴趣的朋友可以比较一下两种算法的时间复杂度有多大差别。
上述代码在Python 3.7运行通过。
简述动态规划算法的基本范式
动态规划算法通常用于求解具有某种最优性质的问题.在这类问题中,可能会有许多可行解.每一个解都对应于一个值,我们希望找到具有最优值的解.动态规划算法与分治法类似,其基本思想也是将待求解问题分解成若干个子问题,先求解子问题,然后从这些子贺蚂问题的解得到原问题的解.与分治法不同的是,适合于敏丛用动态规划求解的问题,经分解得到子问题往往不是互相独立的.若用分治法来解这类问题,则分解得到的子问题数目太多,有些子问题被重复计算了很多次.如果我们能够保存已解决的子问题的答案,而在需要时再找出已求得的答案,这样就可以避免大量的重复计算,节省时间.我们可以用一个表来记录所有已解的子问题的答案.不管该子问题以后是否被用到,只要它被计算过,就将其结果填入表中.这就是动态规划法的基本思路.具体的动态规划算法多种多样,但它们具有相同的填禅拿埋表格式.
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